Heinrich Maier wurde am 16. Februar 1908 als Sohn von Heinrich (ehemaliger ÖBB-Beamter) und Katharina Maier, geb. Giugno, in Großweikersdorf geboren. Berufliche Veränderungen des Vaters brachten es mit sich, dass die Familie mehrfach umziehen musste. Aufgrund dessen besuchte Heinrich Maier ab 1918 das Gymnasium in St. Pölten. 1926 maturierte er allerdings in Leoben.

Unmittelbar nach der Matura trat Heinrich Maier in das Wiener Priesterseminar ein und studierte an der Theologischen Fakultät der Wiener Universität. Seine Wohnung in Wien befand sich in der Boltzmanngasse 9 im Bezirk Altersgrund. Ab 1928 studierte er schließlich scholastische Philosophie an der Universität Gregoriana in Rom. Ein Studienkollege von Heinrich Maier in Rom war der spätere Wiener Erzbischof Kardinal Franz König. Weitere Studienkollegen waren Karl Berg, der spätere Erzbischof von Salzburg, Josef Köstner, später Bischof von Gurk-Klagenfurt, und Franz Zauner, später Bischof in Linz. Am 16. Juli 1930 promovierte Heinrich Maier zum Dr. phil. schol.

Heinrich Maier kehrte dann wieder nach Wien zurück und setzte mit dem Wintersemester 1930/1931 sein Theologiestudium fort. Er wurde schließlich am 24. Juli 1932 im Wiener Stephansdom mit seinen Jahrgangskollegen von Kapitelvikar Weihbischof Dr. Franz Kamprath zum Priester geweiht.

Zunächst agierte er als Seelsorger in Niederösterreich (ab Oktober 1932 in Schwarzau im Steinfeld, dann in Reichenau, ab September 1934 in Mödling). Mit 1. September 1935 betätigte er sich als Diakon in der Pfarre Wien-Gersthof. Er galt als fröhlicher Kaplan, der ein hohes Ansehen in seiner Gemeinde genoss und vor allem einen guten Draht zu Kindern und Jugendlichen hatte. Heinrich Maier zeichnete sich auch durch Weltoffenheit aus.

Nebenbei studierte er 1935/36 zwei Semester an der juridischen Fakultät. Von 1936 an gab er auch Religionsunterricht an der Technisch-gewerblichen Bundeslehranstalt in Mödling und später am Albertus-Magnus-Gymnasium der Marienbrüder (Wien 18, Semperstraße). Die Lehramtsprüfung schloss er im Jahre 1938 ab. Seine Schüler wussten seine Vortragsweise und seine Kameradschaft sehr zu schätzen und waren von seinem Charisma begeistert.

Heinrich Maier erkannte schon bald die Gefahr, die der Nationalsozialismus mit sich brachte. Er stellte sich gegen dieses menschenverachtende Regime und war bereit, Widerstand zu leisten.

Das NS-Regime verbot 1938 generell den Religionsunterricht. Dies brachte mit sich, dass Heinrich Maier seine Stelle als Pädagoge verlor. Er blieb jedoch weiterhin Kaplan in Gersthof und widmete sich vom Wintersemester 1938/39 an bis zum Sommersemester 1941 wieder dem juristischen Studium. Er dissertierte bereits 1939 an der Katholisch-Theologischen Fakultät der Universität Wien (Dissertation: "Der Kampf um den richtigen Kirchenbegriff im Spätmittelalter. Dargestellt an Hand von Marsilius von Padua 'Defensor Pacis' und Johannes von Torquemadas 'Summa de Ecclesia'"). Wenige Wochen nach der Einreichung und Approbation seiner Dissertation bestand er am 6. Juli 1939 das erste Rigorosum in Moral- und Pastoraltheologie, am 25. Juni 1941 das zweite Rigorosum für Bibelstudien und zuletzt am 16. Juli 1942 das dritte Rigorosum für dogmatische Theologie. Am 25. Juli 1942 erfolgte Maiers Promotion zum Dr.kath.theol.

1940 schloss Heinrich Maier bereits Kontakte zu Widerstandskämpfern. Er galt bis zu seiner Verhaftung am 28. März 1944 als eines der führenden Mitglieder der "Maier–Messner–Caldonazzi Gruppe". Die aus großteils intellektuellen Persönlichkeiten bestehende Widerstandsgruppe zeichnete sich dadurch aus, dass die Mitglieder ihren Fähigkeiten entsprechend mit speziellen Sonderaufgaben betraut wurden.

Zum engeren Kreis zählten DDr. Helene Sokal und ihr späterer Mann, der Chemiker Dr. Theodor Legradi, die über internationale Verbindungen u.a. zum kommunistischen Widerstand verfügten, der Arzt Dr. Josef Wyhnal und der Student Hermann Klepell. Dieser hatte Beziehungen zu sozialistischen Kreisen, während ein weiteres Mitglied, die Kommunistin Pawlin, die Verbindungen mit der KPÖ herstellte. "Maier-Messner" wurde von Mitgliedern der eigenständig agierenden Widerstandsgruppe um den Tiroler Widerstandskämpfer Ingenieur Walter Caldonazzi unterstützt. Die Gruppe kümmerte sich unter anderem um die Sammlung und Weitergabe von Informationen über Standorte, Beschäftigte und Produktionen von NS-Rüstungsbetrieben an die Alliierten. Das Vorhaben, eine amerikanische Sendeanlage des Office of Strategic Services (OSS) von Liechtenstein nach Österreich zu bringen, scheiterte jedoch.

Die Mitglieder der Widerstandsgruppe wurden von verschiedenen Personen verraten und in der Folge nach und nach verhaftet. Kaplan Heinrich Maier wurde im Anschluß an einen Gottesdienst in der Kirche der Pfarre Gersthof verhaftet und kam sogleich in Gestapohaft am Wiener Morzinplatz. Seine Gemeinde war sehr um ihren Kaplan besorgt und organisierte einen Besuchsdienst.

Heinrich Maier beschäftigte sich während seiner Haftzeit mit dem Studium der englischen und französischen Sprache. Er wurde am 16. September 1944 in die Untersuchungshaftanstalt Wien I überstellt, am 28. Oktober 1944 vom Volksgerichtshof angeklagt wegen "Verbindung zum feindlichen Ausland aufgenommen" und "Lagepläne deutscher Rüstungswerke ins Ausland verraten zu haben, um Luftangriffe der Feinde auf deutsche Rüstungsbetriebe herbeizuführen" und daraufhin wegen "Vorbereitung zum Hochverrat" durch "Beteiligung an einem separatistischen Zusammenschluss" zum Tode verurteilt.

“Im Jahre 1942 glaubte der Angeklagte Maier die Niederlage Deutschlands im gegenwärtigen Kriege mit Sicherheit voraussehen zu können. Er verkehrte ziemlich rege mit der geschiedenen Ehefrau eines emigrierten jüdischen Wiener Rechtsanwaltes (Sokal) (…) Beide vertraten den Standpunkt, dass Österreich wieder selbständig werden müsse. Sie fassten den Entschluss, sich rechtzeitig mit den Westmächten in Verbindung zu setzen, um mit ihnen ins Gespräch zu kommen. (…) Als im Jahre 1942 die Sokal in die Schweiz reiste, - es bleibt unerfindlich, wie es ihr bei ihrem politischen Vorleben und als Ehefrau eines emigrierten Juden gelungen ist, die amtliche Bewilligung hierzu zu erhalten - überbrachte sie im Einvernehmen mit Maier den in Luzern lebenden ehemaligen Jesuitenpater Dr. Karrer eine von Maier verfasste Botschaft (…)”